بعد از یک سال تحقیق و پژوهش مداوم، طی کردن مراحل اعتبار سنجی و نگارش پروژه طبق متد ارائه شده هر دانشگاه، پیش نویس پایان نامه تحویل استاد راهنما خواهد شد و پس از تایید نهایی نسخه کامل پایان نامه توسط استاد راهنما، دانشجو وارد مرحله دفاع از پایان نامه می‌شود.
در ابتدا، استاد راهنما دو استاد را به گروه تحصیلات تکمیلی جهت داوری معرفی می نماید و پس از تشکیل جلسه گروه زیر نظر مدیر گروه مربوطه، اساتید داور هر دانشجو جهت دفاع مشخص خواهند شد.
پس از این مرحله دانشجو می‌بایست به هر استاد داور یک پیش نویس از پایان نامه خود را ارائه نموده و جهت هماهنگی و تعیین روز دفاع با آنها در تماس باشد.
لازم است دانشجو به آموزش دانشکده جهت رزور اتاق سمینار و تعیین زمان دفاع زودتر مراجعه نموده تا بدون تداخل زمان دفاع وی با زمان دفاع سایر دانشجویان، بتواند دفاع خود را به انجام رساند.
پس از تعیین روز دفاع، دعوت‌نامه ای رسمی از طرف اداره آموزش دانشکده برای استاد راهنما و داوران صادر شده و دانشجو موظف است این نامه‌ها را هرچه سریع‌تر به اساتید برساند.
طی تمام این مراحل دانشجو می‌بایست همزمان، پاورپوینتی از پایان نامه خود جهت ارائه در روز دفاع تنظیم نموده و جهت بررسی و اصلاح تحویل استاد راهنما دهد.
روز دفاع
پیشنهاد می‌شود دانشجو حدودا یک ساعت قبل از زمان تعیین شده برای دفاع، در دانشگاه و در اتاق سمینار حضور داشته باشد. سیستم کامپیوتری خود را تنظیم نموده و به ویدئو پروژکتور متصل نماید. بدین صورت و با آموزش انجام مقدمات دفاع دانشجو با خیالی آسوده شروع به ارائه ی مطالب خود خواهد نمود.
در رابطه با مدت زمان دفاع از پایان نامه معمولا دانشگاه‌های مختلف زمان‌های مختلفی را برای دفاع دانشجویان کارشناسی ارشد خود در نظر می‌گیرند اما به طور میانگین این زمان چیزی در حدود 20 الی 25 دقیقه خواهد بود. نکته بسیار مهمی که در اینجا وجود دارد این است که دانشجو تمام سعی خود را داشته باشد تا در زمان تعیین شده، ارائه‌ی خود را به پایان رساند. این موضوع بدان جهت حائز اهمیت است که اساتید راهنما نسبت به این موضوع حساسیت بسیار زیادی دارند.
پس از اتمام زمان ارائه پایان نامه، اساتید داور ضمن پرسش سوالاتی پیرامون تحقیق آموزش انجام شده، نظرات خود را بیان نموده و اصلاحات مدنظر خود را به دانشجو اعلام می‌دارند. دانشجو می‌بایست در این زمان با دقت کامل و همچنین آرامش بسیار زیاد، به سوالات اساتید داور پاسخ داده و آن ها را توجیه نماید. لازم است تا دانشجو پس از پایان جلسه دفاعیه اصلاحات بیان شده را انجام داده و آنها را در پروژه وارد نماید.
لازم به ذکر است چنانچه دانشجو مقاله‌ای از پروژه خود استخراج نموده باشد، زیر نظر استاد راهنما در انتهای جلسه دفاع به داوران ارائه نموده تا طبق قوانین دانشگاه نمره‌ی آن منظور شود.
پس از همه این مراحل در انتها، اساتید و داوران، از دیگر حاضرین جلسه دفاع درخواست نموده تا جلسه را مدت کوتاهی ترک نموده تا با هم به شور و مشورت در خصوص نمره لحاظ شده برای دانشجو بپردازند، سپس نمره نهایی را اعلام می‌نمایند. پس از اعلام نمره نهایی دانشجو، جلسه دفاع پروژه کارشناسی ارشد به اتمام می‌رسد.
معمولا دانشجویان در روز دفاع، زمان کوتاهی را برای پذیرایی از اساتید، داوران، همراهان و دیگر حاضرین در جلسه دفاع در نظر می‌گیرند.
متن نهایی اصلاح شده پس از تایید استاد راهنما و اساتید داور به صورت مجلد در آمده و مراحل فارغ التحصیلی آغاز می گردد.